Исследователи разработали и валидировали методику HPV-DeepSeek — полногеномную жидкую биопсию ВПЧ с диагностической точностью 99% для ВПЧ-ассоциированных злокачественных новообразований. Ключевое достижение — создание компьютационного классификатора HPV-SIGNAL, способного определять физическое состояние вирусного генома по анализу плазмы крови. Пациенты с интегрированными вирусными состояниями показали значительно худший прогноз по сравнению с эпизомальными формами.
В исследование включили 235 пациентов с ВПЧ-ассоциированными злокачественными новообразованиями девяти анатомических локализаций. HPV-DeepSeek продемонстрировал чувствительность и специфичность 99% для диагностики ВПЧ-позитивных опухолей.
Классификатор HPV-SIGNAL выявил четыре типа физических состояний вирусного генома:
- Эпизомальное (N=71)
- Эпизомально-перестроенное (N=52)
- Интегрированно-смешанное (N=57)
- Интегрированно-клональное (N=9)
Результаты валидировались тремя ортогональными подходами с использованием тканевых и плазменных образцов.
Анализ выживаемости показал, что пациенты с интегрированными вирусными состояниями в крови имеют:
- Худшую выживаемость без прогрессирования с поправкой на возраст и стадию AJCC: HR 2.78 (95% CI 1.30–5.99, p=0.009)
- Худшую общую выживаемость: HR 2.95 (95% CI 1.01–8.61, p=0.048)
ВПЧ-ассоциированные карциномы составляют 5% всех злокачественных новообразований. Существующие клинически используемые анализы циркулирующей опухолевой ВПЧ-ДНК (ctHPVDNA) имеют ограниченную прогностическую ценность на момент диагностики рака и не способны классифицировать физическое состояние вируса.
Интеграция ВПЧ в геном хозяина является доказанным тканевым биомаркером, предсказывающим неблагоприятные клинические исходы. Новая методика позволяет определять этот важный прогностический фактор неинвазивно через анализ крови.
Разработанная технология открывает возможности для:
- Улучшения диагностики ВПЧ-ассоциированных злокачественных новообразований различных локализаций
- Прогностической стратификации пациентов на основе физического состояния вируса
- Мониторинга эффективности лечения и раннего выявления рецидивов
Методика особенно перспективна для орофарингеальных карцином, где интеграция ВПЧ ассоциируется с резистентностью к терапии и худшим прогнозом.